水芹一般采用无性繁殖。8月下旬-9月中旬进行。在栽植前15天采集老熟种茎。

先将母株从基部割下，理齐，捆扎，切割成直径15厘米，长约20-30厘米的小把，然后将小把交错堆码。高度以50-80厘米为宜。上盖一层稻草，用水浇透，后每天早晨浇透水1次，每隔2天翻堆1次，上下调换重新堆码。5-7天后，老茎节部长出5厘米左右的新芽，并长有新根，即可种入大田。

分株栽植时间：长江流域在8-9月、华南地区在9月-翌年2月、华北地区在终霜期以后。