繁殖方式主要有分株繁殖和种子繁殖。
分株
分株繁殖能够保持优良品种性状，很少发生变异。
分株时间：花菖蒲每隔3-4年进行一次，伊春林区一般在春季5月中下旬为宜，也可在秋季9月中下旬或花后进行。
分株方法：用利刀分割根茎，剪除病死老根，每株保留3-4个芽为好。在夏秋分株繁殖时，应将植株上部叶片剪去一部分，留25-30厘米左右进行栽植为宜。
常于早春3月或晚秋10-11月分割株丛，分植苗必须带有根茎部分，以3-4株为一小丛，按30-40厘米的行株距栽植。由于花菖蒲的根茎部分有逐年上升的趋势，因此种植不宜过浅，通常根茎以上覆土应在5厘米以上。分植后，春植株丛当年可开花。花菖蒲在夏季因有一段短暂的休眠期，故也有人在开花后进行分株。将老株掘起，减除一半叶片，然后分割种植。
种子
花菖蒲的种子繁殖是新品种的主要来源，花期通过自然杂交或人工杂交，得到花菖蒲的蒴果，1月中旬成熟，种子可以随采随播，或在0-4℃低温冰箱冷藏，到第2年3月播种。9月中旬播种，室温为15-25℃ 时，30-40天出苗，长至10cm 以上时可移栽上盆。在大棚温室的条件下，花菖蒲小苗可保持绿色，虽然生长很慢，但可不休眠顺利过冬。第3年便可开花，从中选育新品种，可比第2年3月播种的花菖蒲早1年开花。
