种子采收后，首先要进行清洁处理，连株拔回的需晾干脱粒，连果实采收的要去杂去壳，清除各种附着物。在清洁处理过程中，必须注意需暴晒的一定要连壳晒，或者连株暴晒，或稍加覆盖后晒，或在通风处阴干，总之避免种子直接裸露暴晒于阳光下，否则会影响种子的生命力，丧失发芽力。

种子清洁后，必须立即妥善贮藏。种子贮藏的原则是减低种子的呼吸作用，以减少消耗，保持种子的生命力。理想的贮藏条件是密闭的低温、低湿条件，以使种子呼吸作用得到抑制。

常用的方法有干藏、沙藏、水藏等。

干藏：多数花卉种子适宜干藏。将采好的种子，放进纸袋、布袋、铁皮盒、铝盒、木盒、玻璃瓶等贮藏，放置在空气流通的室内冷凉处保存。

沙藏：即将采收的种子用潮湿沙土埋上，土温保持在0—5℃，休眠的种子常用这种方法处理，以促进发芽。

水藏：某些水生花卉的种子，必须贮藏于水中才能保持其发芽力，如荷花、睡莲等。各种种子均不宜放置在高温处暴晒，应放在低温黑暗处，并注意防潮和鼠虫害。