防治虫害：菰的主要虫害有长绿飞虱、大螟、二化螟、蓟马、蚜虫等。长绿飞虱群集于叶片上危害，造成叶片枯黄而减产。大螟、二化螟以幼虫在结菰期危害菰肉。蓟马、蚜虫群集危害幼叶，造成叶尖枯黄卷缩。防治措施：在定植成活后至采收前7-10天，每隔12天喷药1次进行预防，长绿飞虱、蓟马可用40℅乐果1000倍液、25℅扑虱灵2000倍液、2.5℅天王星乳油1000-1500倍液。大螟、二化螟用5℅锐劲特1000倍液、BT系列可湿性粉剂800倍液、5℅抑太保乳油2500倍液、80℅敌敌畏乳油1000倍液、18℅杀虫双800倍液。兼用20℅三唑磷800-1000倍液、25℅亚胺硫磷600-800倍液或20℅好年冬1000倍液，交替喷雾。

防治病害：菰的主要病害有菰锈病、胡麻斑病、纹枯病，危害叶片和肉质茎，使叶片和肉质茎枯黄干死，特别是高温季节发病严重，影响产量。防治措施：菰锈病在发病初期，用20℅粉锈宁1500倍液、97℅敌锈钠500倍液、70℅代森锰锌700倍液或40℅福星8000倍液喷雾，每7-10天喷1次，共2-3次。各种药剂应交替使用。胡麻斑病可用50℅扑海因1000倍液或50℅多菌灵500倍液防治。纹枯病用5℅井岗霉素300倍液防治。在菰进入孕菰期后，禁止使用杀菌剂，以免杀死黑粉菌，造成菰不孕菰，因此防病必须在植株生长前期（分蘖之前）进行。